L'action du SNaTÉI est indépendante de tout parti ou groupement politique, philosophique ou religieux.
L'organisation du SNaTÉI s’appuie sur :
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un bureau national,
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une commission exécutive,
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des sections régionales.
Le congrès national du SNaTÉI réunit l'ensemble des adhérents ; il définit les principales orientations du syndicat et élit un bureau national chargé de porter ces orientations.
La commission exécutive, composée des membres du bureau et des délégués régionaux, est chargée d’administrer le syndicat dans le cadre des directives votées en congrès.
Le bureau national du SNaTÉI est chargé d'exécuter les décisions prises par la commission exécutive et celles du congrès, de représenter le syndicat dans les instances nationales, et de diffuser les informations auprès de ses membres.
Les sections régionales, animées par le délégué régional élu et représentées en CE par ce dernier, sont formées par l'ensemble des adhérents de la région. Elles étudient et formulent des avis sur toute question émanant d'un de leur membre ou des différentes instances nationales du syndicat. Elles représentent, via le délégué régional, le syndicat auprès des administrations locales employant les TSEI.